№16 мектеп 1922 жылы қазақ-қырғыз мектебі ретінде құрылды.
1922-1925 жылдары мектептің бірінші директоры Тұрғанбаев Нұрымхан Омарұлы болды.
1994 жылғы 31 қаңтарда Министрлер Кабинетінің №113 қаулысымен №16 мектепке математик-ғалым, мектеп түлегі, алтын медаль иегері Төлеубай Ыдырысұлы Амановтың есімі берілді.
Мектеп өзінің атақты түлектерімен мақтанады: ақын Қасым Аманжолов, жазушы Сәду Машақов, композитор Бекен Жамақаев, Қазақстанның Халық әртісі Әбілқасым Жаңбырбаев, әнші Болат Сыбанов.
2011 жылы мектептің логотипі мен әнұраны бекітілді. Сөзін журналист Сәтжан Қасымжанұлы, музыкасын Жұмабек Қамбаров жазған.
Өткен аптада қалалық мәдениет сарайында Төлеубай Аманов атындағы №16 жалпы орта білім беретін мектептің 100 жылдығына арналған "Ғасырлық тарихы бар мектеп" атты салтанатты жиын өтті.
