Шалқар Байбеков 1967 жылы Семей облысы, Абай ауданында дүниеге келген.
1996 жылы Қазақстан мемлекеттік басқару Академиясын "Экономист" мамандығы бойынша, кейін Қазақстан мемлекеттік заң Академиясының "Заңгер" мамандығы бойынша тәмамдаған.
Еңбек жолын 1988 жылы Семей облысы Жаңасемей аудандық Мемлекеттік сақтандыру инспекциясының аға инспекторы болып бастады.
1988-1999 жылдары Семей қаласы және Семей облысы бойынша салық инспекциясының бас мемлекеттік инспекторы, бөлім бастығы, Салық инспекциясының бірінші орынбасары, 1999-2014 жылдары Павлодар қаласы бойынша Салық комитетінің төрағасы, Астана қаласы бойынша Салық комитеті төрағасының орынбасары, Астана қаласы Алматы ауданы бойынша, Қарағанды облысы бойынша, Астана қаласы Есіл ауданы бойынша Салық комитеттерінің төрағасы,
2014-2017 жылдары Қазақстан Республикасы Президенті Әкімшілігінің мемлекеттік бақылау және аумақтық-ұйымдастыру жұмысы бөлімінің мемлекеттік инспекторы,
2017-2019 жылдары Шығыс Қазақстан облысы әкімінің орынбасары,
2019-2021 жылдары Шығыс Қазақстан облысы Бесқарағай ауданының әкімі болып қызмет атқарды.
